行政院长卓荣泰7日访日并前往东京观赏世界棒球经典赛（WBC），为1972年中华民国与日本断交以来首次有现任行政院长访日。日本共同社报导，中国外交部副部长孙卫东、中国驻日大使馆干部先后向日方提出抗议，日本驻中国大使金杉宪治表示，台湾方面说明此次为私人行程，日本政府没有立场发表评论。
共同社报导，孙卫东7日晚间致电金杉宪治，对台湾行政院长卓荣泰访问日本提出抗议。8日又传出，中国驻日大使馆干部在东京向日本外务省亚洲大洋洲局长金井正彰表达抗议。对于抗议，金杉说明日本对台湾问题的立场并未改变，仍依据《日中共同声明》。1972年的日中共同声明中，中方表明「台湾是中国领土不可分割的一部分」，日本方面则表示「理解并尊重」这一立场。
中国外长王毅8日在全国人民代表大会期间举行记者会，虽对日本提出批评，但未提及卓荣泰访日或相关抗议。
去年夏天我国外交部长林佳龙访日时，中国外交部亚洲司长刘劲松也曾致电日本驻中国大使馆次席公使横地晃提出抗议。
朝日新闻报导，台湾的现任行政院长访日，只有2004年时任院长游锡堃从中美洲访问返台途中，以「台风影响」曾造访冲绳。
报导指出，基于对中国的政治顾虑，日方长期对台湾的总统、副总统、行政院长及外交部长等高层官员访日，采取审慎态度。不过近年情况有所变化。现任总统赖清德在2022年7月还是副总统的时候，曾赴日出席前首相安倍晋三的葬礼。
2025年7月，外交部长林佳龙也以「私人行程」名义访日，与就任首相前的高市早苗，及跨党派国会议员联盟「日华议员恳谈会」会长古屋圭司等人会面。在中国以统一为目标、对台湾加强施压的背景下，日台之间的政要往来近年明显增加。
