马英九基金会近期掀起人事风暴，过去常率团到大陆交流的前幕僚萧旭岑及王光慈，被马英九直指有财政纪律问题，还说要查两人与台商接触的财务关系，是否冲击「大九学堂」学生团与大陆的交流受到关注。大陆国台办25日未正面回应是否有交流团取消，但强调马英九基金会为促进两岸青年交流，推动两岸关系和平发展「发挥积极作用」。
大陆国台办发言人朱凤莲25日上午主持例行记者会，有台媒提问，「马英九基金会近日人事动荡，传出因而取消一些团到大陆交流，能否证实？以及这是否影响双方交流？」朱凤莲仅表示，近年来马英九基金会积极地开展两岸交流活动，受到两岸各界的广泛关注和积极评价，为促进两岸同胞特别是青年的交流往来，推动两岸关系和平发展，发挥了积极作用。
她接著说，我们愿意在坚持九二共识、反对台独的共同政治基础上，与台湾各政党团体和各界人士，共同加强两岸各领域交流合作和人员往来，推动两岸关系和平发展，造福两岸同胞。
《镜周刊》24日报导称，马英九基金会原先规画今年将举办10团「大九学堂」赴陆参访行程，现已全部喊卡，包括原订下个月出发的浙江杭州团也已进行退费。
另外，国民党主席郑丽文24日南下出席活动谈到两岸议题，表示「傻瓜才二选一」，台湾不用在中美之间选边站，并指推动两岸关系改善，北京也会释出同等的善意，以对话取代对抗。
对此，朱凤莲表示，要和平、要发展、要交流、要合作是岛内（指台湾）的主流民意。她重申，「我们愿意在坚持九二共识、反对台独的共同政治基础上，与包括中国国民党在内的台湾各政党团体和各界人士一道加强交流往来」，保持良性互动 ，共同推动两岸关系和平发展，造福两岸同胞。
