针对美国将针对进口药品课征高额关税，行政院副院长郑丽君表示，我方已争取到优惠待遇，不过川普2日签署行政命令，列出的关税优惠国中并未提到台湾。
川普2日签署行政命令，在美国1962年贸易扩张法第232条规定之下，美国向进口药品和原料课征100%的关税，预计针对大型药品公司在120天之后生效、针对小型药品公司则预计180天之后生效。
白宫指出，若有与美国签署贸易协议，部分国家可取得优惠税率，包括来自欧盟、日本、南韩、瑞士和列支敦斯登的进口药品拟被课征15%的关税；来自英国的进口药品，在美英药品协议之下，部分药品公司拟被课征较低的税率：与美国卫生及公共服务部签署最惠国定价协议，并与商务部签署在地制造协议的企业在2029年1月20日之前可获得零关税待遇。
虽然我国行政院称，我方在台美所签署的投资MOU中，已针对药品部分成功争取到相关优惠待遇，但在白宫公布的事实清单（fact sheet）中，优惠国名单里并未提到台湾。
根据经济部统计，2024年我国制药（含原料药及制剂）产业产值为新台币1196亿元，以内销为主；出口至全球金额为9.9亿美元，其中出口至美国为3.23亿美元；2024年我国出口美国原料药金额为0.17亿美元，占原料药出口总额9.9%，美国为我国原料药第三大出口国。
